Madrasah Aliyah Al-Ikhlas Rearendu Anaraja berdiri sejak tahun 2006 silam. Berada di Desa Rearendu Anaraja, Kecamatan Nangapanda, Kabupaten Ende, Nusa Tenggara Timur.

Sekolah yang telah beroperasi kurang lebih 15 tahun ini sejatinya telah memiliki sarana dan prasarana yang cukup untuk menunjang kegiatan belajar mengajar.

Namun dalam perjalanannya, pihak yayasan menghibahkan seluruh aset dari Madrasah Aliyah Al-Ikhlas Rearendu Anaraja kepada Kementerian Agama untuk dijadikan Madrasah Aliyah Kejuruan Negeri (MAKN) Ende dengan pertimbangan bahwa setelah MAKN berdiri maka Madrasah Aliyah Al-Ikhlas Rearendu Anaraja akan seutuhnya melebur menjadi MAKN Ende.

Dan pada kenyataannya Madrasah Aliyah Al-Ikhlas Rearendu Anaraja harus tetap eksis dengan pertimbangan bahwa masyarakat sekitar lingkungan madrasah masih membutuhkan madrasah untuk menampung siswa/i yang tidak bisa lulus dalam seleksi untuk menjadi siswa/i MAKN Ende. Sementara proses siswa/i dapat masuk ke MAKN Ende dilakulan seleksi ketat dengan jumlah kuota terbatas.

Jumlah siswa yang masih cukup besar menjadi pertimbangan selanjutnya bahwa Madrasah Aliyah Al-Ikhlas rearendu Anaraja akan diteruskan oprasionalnya. Hal tersebut menyebabkan Madrasah Aliyah Al-Ikhlas Rearendu Anaraja saat ini kekurangan sarana dan prasarana terutama ruang kelas untuk kegiatan belajar mengajar.